Решение о строительстве станции было принято в 2012 году, когда по указу Президента России на строительство четырех тепловых станций на Дальнем Востоке (включая Якутскую ГРЭС-2) РусГидро было выделено на 50 миллиардов рублей. В 2013 году было получено положительное заключение Главгосэкспертизы РОссии на проект станции, разработанный ОАО «Институт Теплоэлектропроект». Строительные работы на площадке станции были развернуты в 2014 году, в 2015 году на площадку станции были доставлены и смонтированы газотурбинные установки. Строительство первой очереди Якутской ГРЭС-2 было завершено 1 ноября 2017 года.